Al 15/01/42 la strategia di attacco contro bersagli americani spinse il Kaigun Gunreibu (Comando supremo operativo) ad elaborare mezzi per tali compiti.
La marina giapponese nel suo 4° programma di adeguamento decise la costruzione di 18 sommergibili della classe I-400.
Erano battelli con caratteristiche particolari: stazza di 4.500t., raggio d’azione di quasi 76.000km. alla velocità di 14 nodi, e, soprattutto, caratterizzati dalla presenza di un hangar interno capace di trasportare 2 aerei, che avrebbero utilizzato una catapulta posizionata verso la prua.
Il raid del 18/04/42, con cui i B-25 di Doolittle colpirono il territorio giapponese, accelerarono le decisioni.
Il 15/05 il Kaigun Koku Hombu (Stato Maggiore del’aviazione di marina) emise le specifiche per tale programma.
Nell’ambito di questo progetto, nel 42 venne incaricata la Aichi Kokuti K.K. di progettare e realizzare il velivolo per tale compito.
Secondo le specifiche incluse nel piano 17-Shi (anno '42), venne sviluppato il bombardiere per attacchi speciali (programma per la realizzazione di progetti destinati a particolari situazioni, che culmineranno con il progetto Kamikaze): il modello AM-24, poi siglato M6A1 Seiran (nebbia di montagna).
Da segnalare che inizialmente venne deciso di sviluppare il D4Y1 Suisei, ma risultò impossibile ottenere quanto richiesto dal progetto, cioè il poterlo inserire nel previsto hangar del diametro di 3,50mt. del sommergibile.
Tra le modifiche introdotte dalla ditta furono gli scarponi , che posizionati su una carreggiata molto larga, potevano essere sganciati in volo.
Gli stessi scarponi, che ricordavano quelli dei Macchi e dei Supermarine della Coppa Schneider, risultando agganciabili alle ali, sarebbero stati stivati nell’hangar ed agganciati solo al momento del lancio con la catapulta.
Il lancio sarebbe avvenuto grazie ad una incastellatura metallica che si sarebbe agganciata a 4 punti in fusoliera.
Situazione questa che avrebbe potuto permettere il lancio anche senza gli scarponi.
Il progetto venne affidato ad un team di progettisti: Norio Ozaki, Yasushiro Ozawa, e Morishige Mori, che studiarono ampiamente, oltre al velivolo, il modo di inserirlo nel previsto hangar del sommergibile.
In contemporanea venne studiata anche una versione parallela per l’addestramento, che venne designata: M6A1-K Nanzan (montagna del sud), caratterizzata dall’assenza degli scarponi, sostituiti da un normale carrello triciclo retrattile.
L’abitacolo era previsto per 2 uomini: pilota ed osservatore/mitragliere.
Il seggiolino posteriore poteva ruotare di 180° in modo che si potesse utilizzare la mitragliatrice Tipo 2 (costruita su licenza della tedesca MG.131) da 13mm. per la difesa posteriore.
La motorizzazione era affidata ad un Aichi AE1P Atsuta 30 a 12 cilindri a V invertiti da 1.400hp. (DB.601 costruito su licenza).
La struttura era interamente metallica con particolari in legno, come i pannelli interni per la strumentazione oppure i flaps.
Gli stessi flaps, elaborati da quelli del E16A1 Zuiun, risultavano composti da 2 parti, tra loro articolate, in modo da poter essere piegati sino a 90°.
Si provvide a realizzare un simulacro ligneo, sul quale vennero provate le soluzioni.
Le ali vennero incernierate in modo da poter essere ruotate e ripiegate di 90° e posizionate lungo la fusoliera (analogamente a quanto previsto per i caccia amricani Grumman Wildcat, Hellcat e altri); gli stabilizzatori posteriori erano divisi in 2 parti, con quella esterna ripiegabile verso il basso di 90°; il timone verticale veniva parzialmente abbattuto sulla destra di 118°.
Pur se il programma prevedeva un’unica missione, la ditta considerò la possibilità del recupero del velivolo con il suo rifornimento e riarmo per una successiva missione.
La progettazione si prolungò dal 01/43 al 06/43 per l’eliminazione delle problematiche emerse.
Il prototipo venne completato nel 10/43, nel suo color giallo sperimentale.
Il primo volo avvenne nel 11/43.
Notevole risultò il meccanismo realizzato per il ripiegamento sia delle ali che del timone.
L’intera operazione di dispiegamento richiedeva solamente 7 minuti da parte di un equipaggio di 4 uomini.
Per facilitare le operazioni durante la notte, le parti principali risultavano evidenziate con vernice fosforescente. Successivamente presso lo stabilimento di Eitoku vennero realizzati altri 5 prototipi, con una nuova versione del motore (Atsuta 31).
Il 2° prototipo fu completato nel 02/44, mentre il 3° e 4° vennero pronti per il 06/44.
Pertanto venne deciso che la produzione venisse definita con un ritmo di 1 esemplare al mese sino al 12/44.
Il terremoto del 07/12 ed i bombardamenti americani del 12/03/45 e 17/05 portarono gravissimi danni allo stabilimento di Eitoku, per cui venne deciso il decentramento delle linee di produzioni in zone limitrofe.
A seguito di tale decisione venne stimata una produzione di 123 esemplari, ma nel 03/45 venne fermata al completamento del 44° velivolo (con la nuova versione del motore Atsuta 32), e con il 28° consegnato nel 07/45 ed i restanti in vari stati di costruzione, unitamente ai 2 prototipi del Nanzan, ottenuta per trasformazione del 5° e 6° prototipo, caratterizzati dal timone verticale limitato in altezza alla cerniera con cui veniva ribaltata la parte superiore nell’hangar.
Inoltre manteneva i punti di aggancio in fusoliera, in quanto l’addestramento prevedeva il lancio con la catapulta e poi l’atterraggio normale alla fine del volo.
Lo studio, portato avanti dalla marina, riguardava la possibilità di bombardare le chiuse del canale di Panama, per costringere la flotta americana a percorrere il lungo viaggio sino a Capo Horn per spostare navi, uomini e mezzi da un oceano all’altro.
Per questo progetto venne preso in considerazione, oltre ai sommergibili della classe I-400 ( che potevano portare 3 aerei ), anche quelli della classe I-13 (con 2 aerei).
Comunque la progettazione dell’operazione venne interrotta dalla resa del Giappone.
Gli esemplari operativi risultarono in carico al 631° Kokutai (Corpo aereonavale).
L’esistenza del velivolo era sfuggita ai servizi d’informazione americani, che solo a guerra conclusa, ed alla cattura del sommergibile I-400, lo ritrovarono e lo classificarono.